Сочувствую... очень неприятны такие штуки. У меня после переезда самп стоял на столе, и ребенок отколол-таки кусочек стекла снизу. Правда, там стекло 12мм, запас очень большой.
Я бы не советовал так сразу замазывать, все-таки автомобильное стекло не несет нагрузки, а жидкость, попав в микротрещины, может их "раздвинуть" - примерно как смазанный маслом стеклорез. А вот саму царапину, думаю, имеет смысл полирнуть - чтобы снять напряжения.