У меня есть два маленьких аквариума по 10 литров. Клеил их давным-давно прозрачным силиконом. Тогда же и метиленовым синим пользовался.
Швы посинели. Так синими и остались. Не сильно яркие. Голубые.
А вообще говоря, прозрачные швы со временем если и не зеленеют, то сильно загрязняются. Собственно, зеленеет не весь шов, а только внутренняя поверхность угла. Особенно это заметно, если поверхность не ровная. И особенно зеленеет - если силикон в каком то месте не прилип. Щель обязательно позеленеет (грязная становится). Но это скорее относится к браку при склейке.
Ну и ещё. Чёрный шов вообще красивее. Прозрачный - он мутный. И мутность зависит от толщины. А толщина, к сожалению, немного разная получается. А чёрный - получается аккуратная рамочка.