Не все тут однозначно. Во первых надо смотреть скиммат под мелкоскопом. Панцирь диатом - аморфный оксид кремния. Стекло. Может этот материал никак не "липнет" к разделу фаз - вот его пенник и не бьет.
Во вторых скиммер и помпы это ведь не стерилизаторы - что-то да выживет.
Смысл имхо в том, что если пищевую цепь разбить, например, на уровне мелких рачков типа артемии - то и этого достаточно.