Вадим, сульфатредукция не включится. Для сульфатредукции нужна очень сильная анаэробность, которая получается только в очень узких порах. А протоки между коралловой крошкой такими порами ниразу не являются.
Я понимаю твои опасения, поэтому запущу анаэробник у себя, и сделаю его исключительно просто - поставлю внешник, заполненный коралловой крошкой, на минимальную производительность. В результате будет очень слабое, ламинарное течение через коралловую крошку, исключающее полный застой и закисание наполнителя. Что-то типа Жобера, только с небольшой страховкой...
В твоем случае это легко реализуется - заведи слив под фальшдно в сампе и сними из сампа циркулятор...