С выхода фильтра в скраббер - можно конечно. Хоть гибким шлангом.
Просто вот нужен ли этот фильтр вообще. Можно в скраббер небольшую, точнее срвсем маленькую помпочку на 200 л/ч приспособить, а в аквариум только трубку опустить малозаметную. Самое сложное это устроить освещение скраббера. Просто трубку ферон врядли удасться приспособить, хотя возможно.
Вопрос из чего склеить сам скраббер? можно кстати из того же плпстика что и крышку. Это же просто короб, нижнее основание которого станет на ребра жесткости.