Всё очень просто. В управляемых помпах используются низковольтные двигатели, скорость вращения которых зависит от частоты подаваемого напряжения. Чем выше частота, тем быстрее крутится помпа. В неуправляемых то же самое, но 220В и частота 50Гц из розетки. Если собрать генератор на 220В с изменяемой частотой, то можно регулировать производительность помпы.
Но для волны, я так понял, в принципе достаточно попеременно включать одну или вторую помпу, расположенные на разных концах аквариума. А с этим справится и простое реле с таймером.